De klachtencommissie bestaat uit tenminste drie onafhankelijke leden, een voorzitter, een vicevoorzitter, een derde lid (flexibel) en wordt ondersteund door een secretaris. Na ontvangst van een klacht vergadert de commissie eerst over de ontvankelijkheid van een klacht. Wanneer de klacht ontvankelijk wordt verklaard zal de klachtencommissie klager, aangeklaagde en eventueel getuigen horen. Op basis van deze verhoren stelt de klachtencommissie een adviesrapport op dat wordt overhandigd aan het partijbestuur van GroenLinks. Het partijbestuur besluit uiteindelijk welke maatregelen er getroffen zullen worden.